微波理疗功能是微波的主要功能，由于家庭使用的情况比较复杂，所以家用微波治疗仪对技术要求比医院更高，除了设计上考虑到防止微波输出失控外，还应该考虑到大功率的限制以及输出微波的热感，解决此类问题的关键技术之一就是采用脉冲式的微波输出模式。
微波治疗仪具有其它热疗设备不具备的确切、起效快的特点，其临床的特点是建议在微波能直接将能量穿透到病灶内部，而不仅仅是人体浅表皮肤的基础上的。
微波：与短波、超短波相比较，微波的穿透能力要差一些，一般讲电磁波具有半波穿透能力，12公分波长的微波其半波的穿透能力是5-6公分，所以微波治疗仪比较适合于骨关节炎症和浅表软组织炎症疾病的理疗，但是微波大的优点就是人体的骨骼、肌肉和脂肪组织对微波的吸收能力很接近，实验证实：在微波作用下，人体不同组织对微波的吸收能力具有以下关系：脂肪：肌肉：骨骼=1：1：1。所以对较浅组织的理果微波要明显好于短波、超短波。各级医院非常认可微波对骨关节炎症疾病、前列腺炎、盆腔炎、鼻炎等的。家庭式微波治疗仪已经开始进入很多家庭，由于率高，受到使用者很高的评价和认可。
